急性咽炎的反复发作是导致慢性咽炎的主要原因。
1.咽部邻近的上呼吸道病变
如鼻腔、鼻窦、鼻咽部的慢性炎症，可因炎性分泌物经后鼻孔倒流至咽部刺激咽部黏膜;慢性鼻炎、鼻中隔偏曲、慢性鼻窦炎、腺样体肥大、鼾症或鼻腔鼻窦及鼻咽部占位性病变等疾病由于影响鼻腔通气，造成长期张口呼吸，引起咽部黏膜长期过度干燥而导致慢性咽炎;慢性扁桃体炎的慢性炎症可直接蔓延至咽后壁，引起慢性咽炎;口腔炎症如果不能得到及时控制，随着炎症扩散也可导致慢性咽炎。
2.气候及地域环境变化
温度、湿度的变化、空气质量差、烟酒刺激、辛辣刺激性食物、粉尘、有害气体及放射性照射也是导致慢性咽炎的原因。
3.职业因素
长期大量用声者如教师、歌唱者及易感体质因素亦可引起本病。
4.全身因素
如贫血，消化不良，胃食管反流，心脏病(因血液循环障碍影响咽部静脉回流造成咽部局部淤血)，慢性支气管炎，支气管哮喘，风湿病，肝、肾疾病等，也可引发慢性咽炎。内分泌紊乱，自主神经失调，臭鼻杆菌及类白喉杆菌的感染，维生素缺乏及免疫功能紊乱等均与萎缩性及干燥性咽炎相关。
5.过敏因素
吸入性过敏原(包括季节性与常年性过敏原)，药物、工作环境中的化学刺激物及食物过敏原都可以引起变应性咽炎。
6.局部因素
(1)多为急性咽炎反复发作或延误治疗转为慢性;
(2)各种鼻病及呼吸道慢性炎症，长期张口呼吸及炎性分泌物反复刺激咽部，或受慢性扁桃体炎、牙周炎的影响。
(3)烟酒过度、粉尘、有害气体的刺激及辛辣食物等都可引起本病。
7.全身因素
如贫血、消化不良、下呼吸道慢性炎症、心血管疾病、内分泌功能紊乱、维生素缺乏及免疫功能低下等亦可引发。